Rođena je u Novom Sadu 25. decembra 1816. godine, u imućnoj porodici Popović, koja je bila grčkog porekla. O njenom obrazovanju znamo samo da je bila pismena i da je čitala nemačku literaturu.
Rano ostaje bez roditelja, pa brigu o njoj preuzimaju bogati rođaci iz Osijeka. Imala je nepunih 16 godina odlučuju da je udaju za četrdesetogodišnjeg Jovana Trandafila, grčkog trgovca krznom iz Erdelja (Transilvanija). On je ovom ženidbom dobio veliki miraz, pravo na život u Novom Sadu i status slobodnog građanina. Venčanje je bilo u Osijeku, 31. januara, 1832. godine, u pravoslavnoj crkvi posvećenoj apostolima Petru i Pavlu.
Trandafilovi su odlučili da pomažu ustanove kulture, decu, bolesne i siromašne, kako bi između ostalog zalečili svoje rane. Svu svoju imovinu su sa dva testamenta iz 1862. i 1868. godine, zaveštali Srpskoj crkvi i Matici srpskoj, jer su rano ostali bez dece, Sofije i Koste.
Iako su odlučili da svoj život posvete drugima, nakon suprugove smrti protiv nje je vođeno nekoliko parnica. Muški srodnici - i sa njene i sa muževljeve strane - želeli su da joj uzmu imanje i novac koje je stekla zajedno sa Jovanom, jer su smatrali da jedna žena ne zna i ne sme da upravlja muževljevom zaostavštinom. Priređivali su joj i razne pakosti:optuživali je da je lopov, širili tračeve po gradu o njenom moralu, želeli da završi u ludnici i tamo okonča svoj život.
Uprkos svemu, Marija uspeva da se izbori da svoju i muževljevu želju pretvori u stvarnost, šireći plemenitost i dobrotu na korist drugih.
Marija i Jovan su sav svoj zarađeni novac investirali u kupovinu nekretnina od čijih prihoda su pomagali đake, crkvu, siromašne i bolnice u Osijeku, Somboru i Novom Sadu. Obnovili su i Nikolajevsku crkvu u Novom Sadu, ikonostas Uspenske crkve, kao i Jermensku crkvu. Krst od ružičastog mermera koji je dugo stajao u centru Novog Sada, a danas se nalazi u Sabornoj crkvi, predstavlja najstariji javni spomenik, napravljen je po Marijinom nalogu. Platila je izradu skupocene zastave novosadske „Zadruge Srba zanatlija“, 1874. godine. Za vreme Prvog srpsko-turskog rata (1876) bila je predsednica odbora za prikupljanje pomoći ranjenicima, za šta je dobila orden Crvenog krsta za te zasluge.
Nakon njene smrti, osnovan je fond iz koga su se školovali mnogi đaci Srpske velike gimnazije. Deca su morala biti pravoslavne veroispovesti, ali bez razlike u narodnosti. Međutim, njeno najveće zaveštanje bio je Zavod za izdržavanje sirote i siromašne dece u Novom Sadu i u njemu su boravila pravoslavna siročad uzrasta od 6 do 12 godina. Zgrada je završena 1912. godine, kada je tu smeštena i gradska čitaonica. Posle Prvog svetskog rata, ovo zdanje se koristilo za smeštaj vojnika različitih vojski. Od 1928. godine u zgradu je useljena Matica srpska, da bi za vreme Drugog svetskog rata tu bio smešten Dom za prevaspitavanje devojaka i radio je do oslobođenja 1944. godine.
U svom delu, „Novosadske biografije” (1940) Vasa Stajić je zabeležio da je Marija bila žena u kojoj su se stapale dve životne uloge: nije bila zainteresovana za uobičajen bogataški stil života, već je težila da za sobom ostavi bogougodna dela, po kojima će je ljudi pamtiti.
Andra Gavrilović navodi u svojoj knjizi „Znameniti Srbi” šta je o svojoj potrebi da pomogne siromašnima govorila Marija: „Ja sam u čitavom svom veku samo jedan dan bila siromašna, a to je bilo kad smo 1849 – pri požaru novosadskom - bežali, te smo u Varadinu gradu pri zatvorenim kapijama morali gladovati, jer ni za koje novce ne mogasmo ništa od jela nabaviti. Kad se setim toga onda osetim šta su to glad i sirotinja- zato činim dobročinstva i pomažem sirotinju“.
Marija je umrla u Novom Sadu, 14. oktobra, 1883. godine, u kući u kojoj je rođena. Sahranjena je u kripti Nikolajevske crkve, pored svoje dece i supruga.
Inicijativom novosadskog Naučnog instituta za veterinarstvo 2017. godine je postavljena spomen ploča u njenu čast. Na ostalim zgradama se ne nalazi nikakvo obeležje.
Trg koji se nalazi između Matice srpske i Nikolajevske crkve nosi ime po Mariji Trandafil.
Najsavremenija škola u Veterniku nosi njeno ime, a bronzana statua na ulazu u hodnik krasi Maticu srpsku.
